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2023-01-29 01:38:30  •  公司新闻
重磅发布|金山mNGS新冠病毒分型注释升级,追踪最新变异!

新冠病毒从2019年到现今,经过多次进化,形成阿尔法、贝塔、德尔塔、奥密克戎等变异毒株。不同亚型、株系的传播能力和人体内的免疫逃逸能力有所差异,因而对新冠病毒进行分型,结合分析病毒变异情况,精准把控疫情形势,调整防控策略,不断提高防控工作的科学性、精准性、有效性。

 

近日,金山宏基因组技术(mNGS)基于临床需求,目前已对新冠病毒注释结果进行更新,并提供目前绝大部分新冠病毒亚型的注释结果,为临床追踪病毒变异提供参考依据。

 

检测升级内容

覆盖outbreak.info提供的新冠病毒主要变种/亚型:Alpha(9种变异株)、Beta(5种变异株)、Gamma(17种变异株)、Lambda(2种变异株)、Delta(79种变异株)、Omicron(≥749种变异株)等。

 

分析方法:通过收录、整理GISAID上新冠主要株系的高质量参考基因组序列,构建新冠谱系数据库, 基于Pangolin(Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak Lineages,以系统发育归类命名全球暴发分支)分型方法,对NGS测序数据中的病毒序列进行比对分析,输出新冠的具体分型结果。

 

(图片来源网络)

 

其他说明

(1) 适用范围:针对所有送检mNGS DNA+RNA双流程,或RNA流程的样本;

(2) 适用样本类型:呼吸道样本(肺泡灌洗液、痰液、咽拭子)、血液、脑脊液以及其他可能检出新型冠状病毒基因组的样本;

(3) mNGS RNA流程检出特异性reads数>3000时,分型结果较为准确;检出新冠病毒特异性reads数为1000~3000时,分型结果仅供参考。

 

临床样本新冠检出情况

(图1 近期临床样本不同新冠亚型检出的占比)

 

(图2 新冠病毒在不同样本类型中检出的占比)

 

目前,金山精准医学中心已经形成了mNGS、tNGS为核心的感染性疾病病原学分子检测的产品体系,本次mNGS升级将助力于新冠病毒感染的诊断、病毒分型、变异追踪以及疫情的精准防控。

 

金山mNGS检测在标准化检测流程的基础上,通过临床样本的大数据统计,不断响应临床需求,优化生信分析系统及临床解读,提高检测的灵敏度和准确性。

 

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金山

金山集团源于中山大学,致力于医学健康服务业的发展,聚焦于客户的健康需求,提供有竞争力的解决方案与服务,为大众创造幸福生活。

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